Fondé entre les deux guerres par Lucien Epin, l’établissement est installé à Vitry-sur-Seine, au 13 avenue Eugène Pelletan, c'est-à-dire à quelques mètres du bâtiment actuel ; la fille de M. Epin y enseigne alors en primaire.
En 1950, l'établissement est racheté par M. Noetinger qui va le diriger jusqu’à sa revente, en 1955, à M. Pierre Jacob. Ce dernier a pour projet de déménager l’établissement, qui n’enseignera plus que pour les classes du secondaire.
En 1975, Epin déménage au 17-19 avenue Eugène Pelletan, dans les locaux du pensionnat religieux voisin, qui convient parfaitement à l'installation d'un établissement scolaire. Les Sœurs qui s'y trouvaient ne subvenaient à leurs besoins qu'en réparant des matelas. Le but premier de cette institution religieuse était de recueillir des jeunes filles appelées des « cas sociaux ».
Établissement privé et laïc à son origine, Epin signe un contrat d’association avec l'Etat en 1974 devenant ainsi l’un des premiers établissements privés non confessionnels à être placé sous ce régime.
En 1982, M. Alain Jacob, fils de M. Pierre Jacob succède à son père au niveau de la direction de l'établissement. Il ne quittera sa place de directeur qu’en 1998 et de gestionnaire qu’en 2001.
De nombreux travaux ont lieu à EPIN durant cette période, comme la transformation de la chapelle en lycée et l’aménagement du gymnase en 1988, ou la construction d'un ensemble de trois salles du lycée permettant l'agrandissement des infrastructures mises à la disposition des élèves en 1998. Ils se poursuivent au début des années 2000 : création de laboratoires de physique et de chimie; création de salles expérimentales de sciences de la Vie et de la Terre; rénovation de la salle informatique ; agrandissement du pôle informatique du CDI.
Depuis la rentrée 2014, Mme Nathalie Schneidesch dirige l'établissement.
En 2017, le Groupe France Education acquiert EPIN, souhaitant améliorer les conditions de vie et de travail des élèves et mettre de nouveaux moyens pédagogiques à disposition
Cette année, EPIN accueille 385 élèves au collège et 350 élèves au lycée.